报告提出要“稳步”推进大部门制改革。国家行政学院经济学部教授时红秀告诉记者，教育、医疗等领域，在改革过程中，都出现过认识偏差，多支付了改革成本。他认为，为最大限度地避免改革可能出现的偏差，铁路改革应会采用第一种方式。
“据我所知，铁道部内部已经在做政企分开的改革了，就是铁道部先进行内部改革，等它剥离企业职能，真正变成一个行业管理机构的时候，然后再进行大交通改革，这是大方向。”
下一步难题待解
铁路改革还有很多棘手的问题未解决，如铁路负债如何处理，这也会影响铁路改革，进而影响到交通大制部改革的进程。
根据2012年10月铁道部发布的2012年第三季度的财务报告，铁道部税后利润继续亏损，债务、负债率呈继续扩大的态势。截至2012年三季度，铁道部的资产为43044亿元，负债为26607亿元，资产负债率为61.81%，税后利润为-85.41亿元。
以铁道部目前的盈利状况来看，尚难通过自身盈利来偿还所欠的债务。而且近年来我国大量建设铁路客运专线，都具有公益性质，自身盈利性并不强，所以其建设成本，大部分需要由国家财政来负担。
前述研究人员介绍，“大部制改革恰恰为解决铁路高负债问题提供了契机，这就需要铁路部门与财政部门共同探讨，铁路负债多大比例由国家承担，多大比例由铁路企业通过未来的运营偿付。”
除了铁道部负债问题之外，铁路系统政企分开，也仍然是改革的难点之一。
铁道部政企不分的格局，曾经对于推动中国铁路建设、成功从国外引进高铁技术等，起到了积极的推动作用，但走到目前的状况已经与铁路的发展不相适应了，许多铁路系统人士也认为应该进行政企分开的改革，对此的共识已经越来越明显。
“据了解，铁路政企分开的改革没有时间表，仍然需要外力来助推铁道实现政企分开的改革”时红秀说。
另一方面，交通大部制改革，在“十一五”期间进行得并不彻底。中国民航局的一位官员曾告诉记者，当初国务院大部制改革方案中提出，撤销原交通部、民航总局等机构，共同组建交通运输部，目的是要实现对公路、水运、邮政、民航等交通方式的统一管理，实现资源整合、管理整合，而现在还没有全部实现这些目标。
“从责任划分也可以看出，民航局与交通部，现在仍然是两个独立的机关法人。如果民航出现安全责任事故，责任主体是民航局，交通运输部并不承担责任。”他说。
据了解，国家民航局和国家邮政局并入交通部尚未能完全按照综合运输的要求，实现投资、规划、建设、管理等方面真正融合。国家民航局和邮政局的财务、人事等安排，仍维持原来的格局。
有分析人士认为，交通大部制改革下一步的步骤可能会是，推动铁道部剥离债务，实现政企分开，同时探讨在交通运输部的框架内，使管理公路、水运、民航等交通方式的职责更好地融合，探讨在这些领域实现综合运输的方式，从而也为将来条件成熟时铁道部并入交通运输部打下更好的基础。
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